石正丽团队研究揭示：中国蝙蝠冠状病毒的起源及跨物种传播

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冠状病毒（CoVs）是一类RNA病毒，能够引发人类和动物的呼吸道及肠道疾病。这类病毒大多起源于蝙蝠，并且历史上多次从蝙蝠传播至其他物种，引发了全球关注的公共卫生事件。2002年的SARS、2016年的猪急性腹泻综合症（SADS），以及2019年底爆发的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）疫情，都突显了蝙蝠来源冠状病毒对全球健康构成的重大威胁。近日，一项由中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队发表于《Nature Communications》的研究，深入探讨了中国蝙蝠冠状病毒的进化、跨物种传播及其地理分布特征。

蝙蝠被认为是SARS冠状病毒、中东呼吸综合症（MERS）冠状病毒，以及常见的人类冠状病毒NL63和229E的祖先来源。尤其是翅蝠属（Rhinolophus）蝙蝠，被确认为SARS-CoV和SADS-CoV的天然宿主。中国是世界上蝙蝠多样性最丰富的地区之一，拥有超过100种蝙蝠，其中许多为特有种。然而，关于这些蝙蝠体内冠状病毒的具体进化路径和传播机制，科学家们仍然知之甚少。
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该研究利用贝叶斯统计框架，结合来自中国各地蝙蝠的589条冠状病毒序列数据，进行了广泛的分析。研究结果揭示了α型和β型冠状病毒在不同蝙蝠科和属之间的进化关系及其跨物种传播模式：
宿主交换频率：α型冠状病毒表现出较高的宿主交换频率，且跨越的宿主类群较为遥远；相比之下，β型冠状病毒的宿主交换则更多地受限于系统发育距离。
热点宿主类群：菊头蝠科（Rhinolophidae）及菊头蝠属（Rhinolophus）中的跨科和跨属宿主交换最为频繁，成为重要的病毒传播桥梁。
地理分布特征：研究表明，西南地区是中国冠状病毒进化的热点区域，尤其对于α型冠状病毒而言。该地区的高生物多样性和复杂的生态系统可能促进了病毒的多样化发展。
通过系统发育分析，研究人员提出了SARS-CoV-2可能起源于菊头蝠属蝙蝠的新证据。这一结论进一步支持了先前关于SARS-CoV-2与蝙蝠相关性的假设，强调了加强蝙蝠源性冠状病毒监测的重要性。

使用贝叶斯离散种群地理学模型重建的时空扩散图显示，α型冠状病毒主要从中国西南和南方区域向外扩散，而β型冠状病毒同样起源于这两个区域，并多次扩散到其他地方。南方区域在两种类型冠状病毒的迁移过程中扮演了核心角色。
通过对平均系统发育距离（MPD）、最近物种距离（MNTD）及其标准化效应值（SES）的计算，研究发现了中国冠状病毒的系统发育多样性热点。特别是西南地区的α型冠状病毒显示出较高的进化多样性，表明该区域可能是未来冠状病毒监测的重点。
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本研究不仅加深了我们对蝙蝠冠状病毒进化和传播机制的理解，还指出了中国南部和西南部作为潜在的冠状病毒多样性中心的重要性。鉴于这些地区具有亚热带气候、人口密集和快速城市化的特点，它们可能成为新型冠状病毒出现的温床。因此，未来的采样工作应集中于这些区域，并扩展至邻近国家如缅甸、老挝和越南，以加强对新型冠状病毒的早期预警能力。
此外，考虑到α型冠状病毒在宿主转换中的高潜力及其较强的跨物种传播能力，研究建议加大对α型冠状病毒的监测力度，特别是针对马蹄蝙蝠、扇蝙蝠、大夜蝙蝠和小翼蝙蝠等蝙蝠属的持续跟踪，以评估其对人类或家畜健康的潜在风险。
参考

Latinne, Alice, et al. "Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China." Nature communications 11.1 (2020): 4235.

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谢谢楼主分享。